25天!我國率先完成草地貪夜蛾染色體基因組測序和組裝【馬哥教育新聞快報433期】

各位小伙伴下午好,今天是2019年6月19日,這里是馬哥教育新聞快報433期。

本期重點關注: 25天!我國率先完成草地貪夜蛾染色體基因組測序和組裝

【快報內容】

1、 25天!我國率先完成草地貪夜蛾染色體基因組測序和組裝

5 月中旬,一場與飛行速度爭搶時間的科學研究也在接力進行。僅用 25 天,從害蟲采樣到論文發表,我國首次在全球完成對這種外來入侵者染色體級別的基因測序與組裝。

  “草地貪夜蛾基因組的解讀和深層次回答,對進一步研究其亞型、耐藥性和長期防控具有重要意義。”中國科學院院士、華大基因學院院長楊煥明 18 日在昆明表示,入侵生物的耐毒性與遺傳機制、確定入侵中國的樣本類型、遷飛路線、基因防御技術、雜食性遺傳機制等研究與應用,都離不開高質量參考基因組。

  華大生命科學研究院數字化地球研究所副所長劉歡介紹,從 5 月 21 日 13:00 接到任務指令到聯系好采樣,他們僅用時 30 分鐘;兩個小時后,確定了項目實施方案和樣本來源。次日,他們在廣州采到了樣本,同時來自云南的樣本送達深圳,當天就著手 DNA 提取等工作;第 5 天,就實現 stLFR 測序數據下機、5K 大片段和 WGS 上機測序以及轉錄組上機;第 10 天,完成了物種鑒定和第一版雌雄兩個基因組組裝;第 15 天,轉錄組數據下機,完成組裝補洞和開始基因組注釋;第 25 天——6 月 15 日,發布兩個染色體水平的基因組,確定侵入我國草地貪夜蛾亞型和可能來源,文章正式在 BioRxiv 發表。

  “人類基因組測序六個國家參與、花了十年時間;其他物種的組裝研究分析通常達到 1 年,算是快的。草地貪夜蛾的入侵,吹響了科研服務國家的號角,也讓我們創造了前所未有的速度。”劉歡說。

  在楊煥明院士領導下,云南農業大學、華大基因、中國科學院動物研究所、中國農業科學院等通力協作,動用了所有資源,與國內各省區以及美國樣本互動,產出了 1.5Tb 的基因組測序原始數據,目前完成了 1 雌 1 雄 2 個染色體水平的基因組組裝,兩個基因組組裝大小分別達到了 542.42M 和 530.77M。

  “無論是基因組完整性還是基因集的完整性都超過了目前已有版本。”劉歡說,研究中通過基因注釋共發現了 12516 個基因家族。通過與 8 個近緣鱗翅目物種進行比較基因組學分析,發現了多個擴張基因家族,其中有兩個嚴重擴張,這意味著其在某些方面功能非常強,這或將為草地貪夜蛾的高度雜食性、抗藥性研究打下基礎。研究人員通過對草地貪夜蛾亞型分析表明中國種群有玉米型(C型)和雜合水稻型(R型)兩種類型,確定有非洲入侵,不排除其他地區入侵。值得一提的是,項目組所使用的 stLFR 和 Hi-C 技術均為自主研發技術,達到了國際領先水平。

2、 蘇姿豐談接任AMD CEO職務后的順利轉型:專注于做正確的事情

2014 年 10 月,美國超威半導體公司(Advanced Micro Devices, Inc.)將蘇姿豐博士(Dr. Lisa Su)任命為首席執行官,從此掀開了這家芯片公司的新時代。回顧這幾年,Lisa Su 確實是一名出色的雇員,成功地將 AMD 從無關緊要的邊緣帶回了主流市場 —— 不僅讓競爭對手英特爾對其刮目相看,還以超過 900% 的股價增長,讓股東獲利頗豐。

  她在近日接受 Barron’s 電話采訪時稱,其接任 CEO 的首要目標之一,就是“專注于正確的事情”。她認為高性能計算(HPC)會是一個巨大的市場,于是一直朝著這個的目標挺近。

  至于在技術上取得的成功,其認為一個重要原因是押注及時:

我們在 2015~2016 年間做出了相當重要的技術決策,正如 2018~2019 年的路線圖所展示的那樣。對 7nm 在內的各種技術的早期投入,讓 AMD 在核心知識產權上打下了重要的基礎。

  此外,決定不向哪些領域投資,也是相當重要的一點。

  蘇姿豐表示,盡管 AMD 對許多領域都感興趣,但若看不到成功的希望,他們是不會輕易去放手一搏的。

  顯然,Lisa Su 對 AMD 的歷史了然于胸,但她聲稱自己一直被非常棘手、難以解決的問題所吸引。

  坦率的說,在她接任 AMD 的時候,公司正陷于困境之中。其在與英特爾的競爭中失去了應有的地位,前景看起來一片黯淡。

  實際上,在早年身為 IBM 的一名年輕工程師期間,Lisa Su 就提出了一個如何解決問題的觀點,因為“問題本身就可以創造機遇”。從為合作伙伴提供的市場機遇來看,沒有比半導體行業更吸引人了。

3、 蘋果Apple Watch逐漸獨立 已經支持OTA無線升級

新浪數碼訊 6 月 19 日上午消息,蘋果公司似乎正在將 iPhone 與 Apple Watch 的關聯度逐漸減小,最新 watchOS 已經支持手表獨立 OTA 無線升級,而不再必須通過手機才能升級。

  此前,Apple Watch 如果進行升級系統,必須要通過與之配對的 iPhone 才可以。而在 watchOS 6 的第一版測試系統中,通用>軟件更新設置下已經有了 OTA 選項。與 iPhone 一樣,該機制會檢查可用的系統更新,如果有了,它會直接下載到 Apple Watch 上。

  本周蘋果向開發者發布 watchOS 6 的第二個測試版,這一機制開始發揮作用。也就是說,Apple Watch 終于接到了系統更新。

  不過目前這功能還是測試版,用戶仍然必須使用 iPhone 來查看 watchOS 相關升級條款并點擊接受。或許在 9 月 watchOS 6 正式版上線時候會有改變。

在手表上進行 OTA 升級存在的障礙可能是產品形態的不同,如果在 iPhone 上升級,萬一失敗,用戶自己可通過 iTunes 恢復模式搶救回來。但 Apple Watch 的數據線接口特殊(隱藏在表帶連接器內側蓋板里),這個接口以及與之匹配的數據線是專業人士才會用到的。

  在六月初剛剛結束的蘋果 WWDC 全球開發者大會上,watchOS 6 正式發布,改進之一是有了自己獨立的軟件商店,這意味著它將越來越獨立;實際這種過程在已經發布的四代手表上也一直在進行中,例如,2017 年推出的第三代 Apple Watch,就具備了 4G 網絡和獨立通話的能力,可以在不使用 iPhone 的情況下撥打更多電話。

4、 深網 | 對話拼多多百億補貼項目宗輝:二選一不是最大的挑戰

《深網》:拼多多的商戶們怎么看 618 這種促銷模式?

  宗輝:拼多多平臺目前已有 360 萬活躍商戶,他們是拼多多的最堅實堡壘,也是我們服務消費者的重要神經元。

  在決定參與 618 促銷節之前,我們曾和平臺不同品類的商戶都組織過一些座談會。在座談會上,他們提出了自己的部分訴求和擔憂,第一,是不希望促銷節變成了小商戶們賠本替平臺賺吆喝,第二,希望流量分配公正,避免此前其他電商平臺出現的,流量只向部分玩家傾斜的情況。

  我們總結認為,拼多多商戶們的核心訴求其實是兩點,有利有義,既要能賺錢,又要規則公正。

  綜合消費者和商家們的訴求,我們決定在今年 618 期間,由平臺對消費者更需要的商品進行百億補貼。關鍵詞有兩個,精準補貼,聯合讓利。

  首先,我們會根據平臺大數據,指導商戶們如何選品、備貨,滿足用戶需求的熱銷商品,平臺會與商戶聯合補貼讓利。一旦商戶的商品獲得了用戶認可,就能收獲更多的補貼和流量。

  通過聯合讓利和精準補貼,我們希望幫助商戶把價格優勢轉化為規模優勢,從過去追求高客單價的經營思維,轉換為追求規模效益、積累優質客戶的互聯網思維上來。

  這一套做法現在看已經逐漸收獲了成果。618 期間,我們經過對比消費者數據后,對一款國行博世(BOSE)降噪耳機進行了精準補貼,補貼價比正品價便宜了快 1000 元,結果消費者反應太熱烈,導致平臺的零售商面臨巨大的供應壓力,有一家商戶甚至連夜緊急補貨 6 次。最后,在平臺和多個商戶的共同努力下,才徹底解決了供應量問題。

  其實,過去之所以有些商戶對于電商節又愛又恨,原因是他們的經營成本太高,而平臺的流量分配規則是“按照品牌商權重”來分,導致對于大量有能力為消費者服務的商戶,在促銷節中盡管也付出成本參與讓利,最終卻沒有得到合理的流量和客戶。

  而拼多多平臺通過今年的百億精準補貼,正是為了解決了這一問題,最終結果證明,對于我們的新規則新玩法,商戶們也是支持和滿意的,我們很可能會把這一模式繼續推廣下去,成為與商戶合作的一個常用模式。

  通過這次 618,我們得到的寶貴經驗是,不能把促銷節變成了品牌商之間的博弈,而要想辦法把大家的主要精力,放在如何滿足用戶需求、提供消費者最急需的商品上來。因為讓消費者用腳投票,永遠都是最公平的平臺規則。

【今日學習必備】

【Linux面試真題】- 如何讓history命令顯示具體時間?

shell> HISTTIMEFORMAT=”%Y-%m-%d %H:%M:%S”

shell> export HISTTIMEFORMAT

重新開機后會還原,可以寫/etc/profile

【Python面試真題】- 請寫一個Python邏輯,計算一個文件中的大寫字母數量!

請寫一個Python邏輯,計算一個文件中的大寫字母數量
>>> import os

>>> os.chdir('C:\\Users\\lifei\\Desktop')
>>> with open('Today.txt') as today:
    count=0
    for i in today.read():
        if i.isupper():
            count+=1
print(count)

運行結果:
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>【就業喜訊】

【學員喜訊-841期】- Python18期學員—8K到2W 的提升,絕對逆襲!

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【近期開班】

Linux面授班:2019年7月15日(北京)
Linux網絡班:2019年6月22日(網絡)
Python面授班:2019年7月22日(北京)
Python網絡班:2019年7月13日(網絡)



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